Pembangunan Pura Segara Ulun Danu Batur diperkirakan telah dimulai sejak zaman Empu Kutura, yaitu sekitar abad ke-10 hingga ke-11.

Selain Pura Segara Ulun Danu Batur, ada banyak desa penduduk di sekitar sana. Hanya saja, semuanya berubah sejak tahun 1917.

Karena lokasinya di sisi barat lereng Gunung Batur, kawasan sekitar pura cukup rentan terhadap Hausarbeit schreiben lassen Preise bencana letusan gunung berapi.

Pada tahun 1917, letusan Gunung Batur menimbulkan kerusakan pada sebagian besar bangunan yang ada di kaki gunung tersebut.

Setelah dilanda bencana, penduduk sekitar berusaha membangun kembali bangunan-bangunan tersebut agar seperti semula.

Namun, bencana rupanya tidak berhenti sampai di situ saja. Setelah peristiwa 1917, kawasan pura kembali dilanda bencana letusan Gung Batur.

Tepatnya pada 21 April 1926, letusan gunung tersebut menyebabkan kerusakan pada semua bangunan hingga tak berbentuk lagi dan menelan korban hingga 1.500 jiwa.

Namun, di tengah letusan-letusan tersebut, Pura Segara Ulun Danu Batur justru tidak mengalami kerusakan dan bangunannya pun tetap utuh dan masih kokoh berdiri.

Sementara itu, penduduk desa di sekitar pura harus direlokasi karena kawasan tersebut tidak bisa ditempat selama masa erupsi